La realización de clases de ciencias utilizando la metodología indagatoria implica, para la mayoría de los docentes, un cambio radical en su práctica pedagógica. Esto requiere la articulación de un programa de desarrollo profesional permanente que les entregue el apoyo que requieren. Además, siendo la enseñanza-aprendizaje basada en la indagación una práctica nueva en el país, su introducción requiere formar a los educadores líderes que se preocuparán de su difusión. El programa de desarrollo profesional se sustenta en el trabajo colaborativo de educadores y científicos.
Las instancias de desarrollo profesional comprenden entre otras actividades las siguientes: